Doch ist Captain Cook nicht unumstritten. Denn er hatte immer auch geheimen Befehlen der Londoner Admiralität zu folgen, die den globalen Expansionsplänen des British Empire dienten. Und so pflanzte er immer wieder die britische Fahne auf – ob in Australien oder Aotearoa/Neuseeland, den größten der späteren Kolonien Großbritanniens.
James Cook, der an Bord als gerechter Mann und milder Kapitän galt und einen ebenso guten, diplomatischen Instinkt besaß, auf die unbekannten Menschen Ozeaniens zuzugehen – seine Fahrten verursachten auch eine Blutspur. Kaum eine Insel, wo Einheimische nicht ausgepeitscht, als Geiseln genommen oder ihnen die Ohren abgeschnitten wurden – oder schlimmer: mit Schrot oder Blei, mitunter auch mit Kanonen, geschossen wurde. So gab es auf Cooks erster Fahrt Tote auf Tahiti, im Austral-Archipel und auf Aotearoa/Neuseeland, auf seiner zweiten Expedition auf Moorea (Gesellschaftsinseln), Tahuata (Marquesas), Tanna (Vanuatu) und mehr als 20 Tote beider Seiten auf Aotearoa/Neuseeland. Auf seiner dritten Weltumsegelung wurde Captain Cook selbst zum Opfer.
Wie auf anderen Inseln Polynesiens hatte der britische Kapitän am 14. Februar 1779 in der hawai’ianischen Kealakekua-Bucht versucht, ranghohe Anführer als Geiseln zu nehmen, um Diebesgut zurückzuerlangen. Als er im daraus resultierenden Gefecht das Feuer eröffnete, wurde er von hawai’ianischen Kriegern niedergeschlagen und erdolcht. Charles Clerke, der Kapitän von Cooks Begleitschiff Discovery notierte unmittelbar nach dem tragischen Zusammenprall, bei dem schließlich 26 Hawai’ianer und vier weitere britische Seeleute ums Leben kamen: „Es spricht vieles dafür, dass die Eingeborenen sich anders verhalten hatten, wenn Captain Cook nicht unglücklicher Weise als erster geschossen hätte.“ James Cook ist insofern ein zwiespältiger Held: ein Mythos als britischer Seefahrer und Pionier der Welterkundung – und zugleich ein Wegbereiter des heraufdämmernden Kolonialzeitalters.