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Im Laufe des Zweiten Weltkriegs wurden die Bestände der Dresdner Museen in mehr als vierzig Depots in und außerhalb von Dresden kriegsbedingt verbracht: in Museumskeller, Behördentresore, Schlösser und Herrenhäuser, Eisenbahntunnel und Bergwerke. Auch Werke, die für den sogenannten Sonderauftrag Linz bestimmt waren und sich noch in Dresden befanden, wurden ausgelagert. Das nahe gelegene Schloss Weesenstein erwies sich ab 1942 als idealer Ort für bombensichere und überwiegend geheime Auslagerungsräume. Eigentümer des Schlosses war ab 1933 der Landesverein Sächsischer Heimatschutz.
Versteckt im Müglitztal war nur wenigen Personen bekannt, dass hier Meisterwerke der Dresdner Gemäldegalerie, Bestände des Mathematisch-Physikalischen Salons oder der Sächsischen Landesbibliothek lagerten. Fast der gesamte Bestand des Kupferstich-Kabinetts wurde auf Weesenstein in Sicherheit gebracht, überwiegend eingelagert in der sogenannten Folterkammer, die mit Steinholzfußböden, Türsicherungen und elektrischen Heizungsanlagen ausgestattet wurde. Auch die Akten und einige Kunstwerke des Sonderauftrags, die noch nicht in Depots in Süddeutschland und Österreich eingelagert waren, gelangten nach Weesenstein.
Noch während der letzten Kriegstage begannen Trophäenbrigaden der Roten Armee, systematisch nach Bergungsdepots zu suchen. In Weesenstein erfolgte die Übernahme der Kulturgüter durch die Rote Armee am 10. Mai 1945. Ab Ende Juli 1945 wurden tausende Werke – reguläre Museumsbestände, eingelagerte Privatsammlungen, aber auch NS-verfolgungsbedingt entzogene Kunstwerke – in die Sowjetunion abtransportiert. Der größere Teil davon wurde 1955 und 1958 an die DDR zurückgegeben. Doch bis heute befinden sich in den Nachfolgestaaten der Sowjetunion zahlreiche Kunstwerke verschiedener Provenienzen.